Questo museo geopaleontologico nacque a seguito di una scoperta paleontologica fortuita, la balena di Castelfiorentino (FI) avvenuta nel 1998 ad opera di Simone Casati e appartenenti al gruppo paleontologico che richiese una sede più grande di quella originaria: il comune di Scandicci mise a disposizione l'ex scuola elementare di Badia a Settimo, nel Centro Civico Ofelia Mangini. In questi spazi è stato allestito un laboratorio per lo studio dei minerali e dei fossili; per le attività legate al loro restauro, conservazione e musealizzazione. Nel corso degli anni, con i nuovi ritrovamenti paleontologici e con la donazione di alcune collezioni private, i reperti esposti nella raccolta geopaleontologica sono andati incrementando, fino ad avere migliaia di pezzi esposti, alcuni dei quali da considerarsi vere e proprie rarità a livello mondiale. Lo sviluppo delle collezioni e il conseguente miglioramento quantitativo e qualitativo dei reperti, ha reso possibile il riconoscimento da parte della Regione Toscana, del Ministero della Cultura e l'instaurarsi di rapporti di collaborazione con la Soprintendenza alle Antichità della Toscana e con studiosi di fama internazionale.